Les effets secondaires lors de la prise d'isoleucine sont rares. Des cas de développement d'une réaction allergique, d'intolérance aux acides aminés, de nausées, de vomissements, de troubles du sommeil, de maux de tête, de fièvre à des valeurs subfébriles ont été enregistrés. L'apparition de réactions indésirables dans la plupart des situations est associée à un excès de dose thérapeutique.
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