En règle générale, si des effets secondaires surviennent lors de la prise de cystéine, ils ne causent pas de dommages extrêmes au corps. Les plus courants sont: l'indigestion, les nausées, les vomissements, la diarrhée, les crampes abdominales, les maux de tête et les malaises gastro-intestinaux. Les effets secondaires surviennent généralement en cas de consommation d'eau insuffisante.
Certaines personnes reçoivent un diagnostic d'intolérance à la cystéine, puis des réactions allergiques se produisent dans le contexte d'un complément alimentaire contenant un acide aminé. Dans de tels cas, le corps, en réponse à la cystéine, produit une quantité excessive de l'hormone homocystéine (sécrétée par le corps en réponse à une exposition à des toxines). L'allergie se manifeste par une éruption cutanée, un gonflement de la gorge et du visage, des difficultés respiratoires, des arythmies et la personne a besoin de soins médicaux d'urgence.
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