La carnitine interagit avec les antibiotiques conjugués au pivalate tels que la pivampicilline, qui sont utilisés pour la prévention à long terme des infections des voies urinaires. L'administration chronique de ces antibiotiques augmente l'excrétion de la pivaloyl carnitine, ce qui peut épuiser les réserves de carnitine.
Cependant, bien que les taux de carnitine tissulaire puissent devenir suffisamment bas pour limiter l'oxydation des acides gras, aucun cas de maladie due à une carence n'a été signalé.
Il a été démontré que le traitement par les anticonvulsivants acide valproïque, phénobarbital, phénytoïne ou carbamazépine réduit considérablement les taux sanguins de carnitine. De plus, l'utilisation d'acide valproïque, avec ou sans autres anticonvulsivants, peut provoquer une hépatotoxicité et augmenter la concentration plasmatique d'ammoniaque, conduisant à une encéphalopathie. Cette toxicité peut également survenir après un surdosage aigu d'acide valproïque. L'administration de L-carnitine peut aider à traiter la toxicité de l'acide valproïque chez les enfants et les adultes, bien que le régime optimal n'ait pas été déterminé.
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