La cystéine se trouve en grande quantité dans les aliments auxquels nous sommes habitués. Il s'agit principalement de viande de porc, de filet de poulet, de pulpe de poisson rouge. En plus petites quantités, cet acide aminé se trouve dans les graines de tournesol, les noix, le jaune d'œuf, le lait, les légumes verts, le riz et le soja. À l'échelle industrielle, la cystéine est obtenue par hydrolyse à partir de déchets protéiques contenant de la kératine et par synthèse. Le complément alimentaire cystéine est étiqueté E920 (L-cystéine - E921). Il est utilisé dans l'industrie alimentaire, notamment pour blanchir la farine de blé. En pharmacologie, les préparations de L-cystéine sont utilisées dans le traitement complexe des maladies chroniques, ainsi que pour la thérapie d'entretien et de réadaptation après une maladie.
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